医院获福建、福州市科技进步奖56项：其中获省部级医学科技奖3项，福建省医药卫生科技进步奖6项，市科技进步奖47项（二等奖以上的共23项），获省、市科研课题立项23项。
　　 医院始终坚持“以病人为中心、以质量为核心”的服务宗旨，不断提高医疗质量和服务水平，先后荣获“全国精神文明建设先进单位”、“全国院务公开示范标兵”等荣誉，并且连续四届蝉联福建省文明单位、院党委荣获福州市先进基层党组织等光荣称号。2009年荣获第二批“全国文明单位”、“全国院务公开示范点”，被中国科教义卫公会授予“抗震救灾重建家园工人先锋号”先进集体等荣誉称号。
　　 福州市医院生物治疗中心是姚开泰院士工作站，是南方医科大学临床转化基地，是我院重点建设的临床二级科室，2012年福建省委组织部、省科协授予福州市医院为“福建省院士专家工作站”。